ในระหว่างฤดูกาล หลายหน่วยงานอุตุนิยมวิทยาและหน่วยงานทางวิทยาศาสตร์ของแต่ละประเทศจะมีการคาดการณ์ของพายุหมุนเขตร้อน, พายุโซนร้อนและพายุไต้ฝุ่น ที่จะก่อตัวในช่วงฤดู และ/หรือ จะมีพายุกี่ลูกที่ส่งผลกระทบต่อประเทศนั้น หลายหน่วยงานนี้ได้รวมไปถึงองค์การความเสี่ยงพายุโซนร้อน (TSR) ของมหาวิทยาลัยคอลเลจลอนดอน, สำนักงานบริหารบรรยากาศ ธรณีฟิสิกส์ และดาราศาสตร์แห่งฟิลิปปินส์ (PAGASA) และสำนักสภาพอากาศกลางของไต้หวันด้วย ซึ่งบางส่วนของการคาดการณ์ได้นำสิ่งที่เกิดขึ้นในฤดูกาลก่อนไปพิจารณาด้วย และยังมีการสังเกตการณ์ภาวะเอลนีโญในช่วงปีด้วย การพยากรณ์แรกเป็นของ PAGASA ซึ่งออกเผยแพร่ในช่วงเดือนมกราคม เป็นการคาดการณ์แนวโน้มสภาพภูมิอากาศในช่วงเดือนมกราคมถึงมิถุนายน[4] โดยมีการตั้งข้อสังเกตว่าจะมีพายุหมุนเขตร้อน 1–2 ลูก ก่อตัวในช่วงเดือนมกราคมถึงมีนาคม ในขณะที่อีก 1–3 ลูก จะก่อตัวหรือเคลื่อนเข้าสู่พื้นที่รับผิดชอบของฟิลิปปินส์ ในช่วงเดือนเมษายนถึงมิถุนายน[4]

ช่วงเดือนมีนาคม หอสังเกตการณ์ฮ่องกง พยากรณ์ว่าฤดูกาลพายุไต้ฝุ่นในฮ่องกงจะใกล้เคียงกับปกติ โดยมีพายุหมุนเขตร้อนกำลังแรงสี่ถึงเจ็ดลูกเคลื่อนผ่านในระยะ 500 กม. (310 ไมล์) เทียบกับค่าเฉลี่ยที่หกลูก[7] ในวันที่ 7 พฤษภาคม องต์การความเสี่ยงพายุโซนร้อนออกการพยากรณ์ฉบับแรกของฤดูกาล และพยากรณ์ว่าฤดูกาลนี้เป็นฤดูกาลที่สงบเงียบ โดยจะมีพายุโซนร้อน 22 ลูก พายุไต้ฝุ่น 13 ลูก และพายุไต้ฝุ่นรุนแรง 11 ลูกพัฒนาขึ้นในระหว่างปี ขณะที่ดัชนีเอซีอีถูกพยาการณ์ไว้ที่ 217[1]

เมื่อวันที่ 28 มิถุนายน สำนักสภาพอากาศกลางไต้หวันพยากรณ์ว่าจะมีพายุโซนร้อนระหว่าง 19–23 ลูกก่อตัวเหนือแอ่ง ขณะที่คาดว่า 2–4 ลูกจะส่งผลกระทบกับไต้หวัน[5] วันที่ 6 กรกฎาคม TSR ออกการพยากรณ์ซึ่งตัวเลขเหมือนกับก่อนหน้า เว้นแต่ตัวเลขของพายุไต้ฝุ่นรุนแรงถูกปรับเพิ่มเป็น 7[2] ต่อมา PAGASA ได้ประกาศการคาดการณ์ฉบับที่สองและฉบับสุดท้ายของปีในวันที่ 15 กรกฎาคม ภายในการคาดหมายภูมิอากาศฤดูกาลช่วงกรกฎาคม – ธันวาคม[6] ในการคาดหมายบันทึกไว้ว่าพายุหมุนเขตร้อน 5–11 ลูก คาดว่าจะก่อตัวหรือเคลื่อนเข้าสู่พื้นที่รับผิดชอบของฟิลิปปินส์ในระหว่างเดือนกรกฎาคมและกันยายน ขณะที่อีก 4–9 ลูก คาดว่าจะเกิดขึ้นในระหว่างเดือนตุลาคมและธันวาคม[6] ต่อมา TSR ได้ออกการคาดการณ์สุดท้ายสำหรับฤดูกาลเมื่อวันที่ 8 สิงหาคม โดยคงจำนวนตัวเลขพายุหมุนเขตร้อนไว้ แต่ลดปริมาณของ ACE ลงกว่าฉบับที่แล้ว[3]

กรมอุตุนิยมวิทยาไทย

เมื่อวันที่ 25 เมษายน พ.ศ. 2559 กรมอุตุนิยมวิทยา ได้ออกการคาดหมายลักษณะอากาศช่วงฤดูฝนของประเทศไทย พ.ศ. 2559 ซึ่งมีการคาดการณ์ว่าจะมีพายุหมุนเขตร้อนเคลื่อนเข้าสู่ประเทศไทย 2 ลูก โดยมีโอกาสสูงที่จะเคลื่อนผ่านภาคตะวันออกเฉียงเหนือและภาคเหนือในช่วงเดือนสิงหาคมหรือกันยายน 1 ลูก และอีก 1 ลูกจะเคลื่อนผ่านภาคใต้ในช่วงเดือนตุลาคมถึงพฤศจิกายน[8]